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circRNA注釋及功能預測
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2019-03-12 | 6669 次瀏覽 | 分享到:

circRNA 在各種生物中廣泛表達,具有種屬、組織、疾病及發育階段相關的特異性,與各種疾病,尤其是惡性腫瘤的發生發展密切相關。circRNA不僅作為海綿吸附 miRNA 發揮生物學功能,同時還具有調控轉錄和轉錄后過程、可變剪接、編碼蛋白以及充當蛋白誘餌等作用[1,2,3,4]。我們采用多種權威算法預測circRNA的全面功能,目前關于人類的circRNA基本注釋及序列信息、miRNA結合預測、翻譯蛋白預測、小鼠保守性預測、Cosmic突變和M6A甲基化修飾等資源已經整合到circBank數據庫,歡迎大家使用。

 

Circbank數據庫主要包含以下幾方面功能:

1.circRNA基因全新命名;

2.circRNA基因基本特征注釋信息;

3.circRNA序列檢索提取功能;

4.circRNA結合miRNA預測;

5.circRNA翻譯蛋白潛能的預測評估;

6.circRNA基因序列保守性分析結果;

7.circRNA轉錄后修飾信息;

網址:http://www.circbank.cn/

 

circbank數據庫的引用格式可參照如下形式:Ming Liu, Qian Wang, Jian Shen, Burton B. Yang & Xiangming Ding (2019):circbank: a comprehensive database for circRNA with standard nomenclature, RNA Biology, DOI:10.1080/15476286.2019.1600395



 

 


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